所谓三自性，是指圆成实性、依他起性、遍计执性。
所谓圆成实性，是指真心如来藏有圆满成就诸法的真实体性，譬如自心如来能够藉著无明、业种，以及其他种种缘出生众生的五阴身，并藉著所出生的五阴身去缘外五尘，如实变现内六尘，让众生在内六尘境界起种种分别，受用种种苦乐等事。又譬如此世界将毁坏之前，共业有情的如来藏，会共同在虚空中变现出另一个器世间（山河大地），于此世界毁坏以及新的世界可以居住时，有情得以转生到新世界继续生活及受报。又譬如众生不断地以见闻觉知心，追逐著如来藏所变现的六尘诸法，而误以为是真实接触外境而执以为实；并于此种种法相施设种种名而错误的计度中不断地快乐自追，因此罔受生死轮回诸苦而无法出离。又譬如造下毁谤三宝的重业，于舍寿时，如来藏就会在阿鼻地狱中变现广大的地狱身，让众生在阿鼻地狱受种种苦；待阿鼻地狱受报完毕，一一转生到其他地狱受报，直到地狱业报尽了，才会出离地狱，转生到饿鬼以及傍生道中受尽种种恶趣苦毒后，才能再转生为人；于转生人道后，前五百世仍有盲聋瘖哑、五根不具、不闻佛法等等毁谤三宝的余报。诸如上面所说，都是第八识如来藏能圆满成就诸法的体性；而这样的体性，刚明心的菩萨仅能少分了知，地上菩萨能多分了知，一直要到成佛时才能究竟了知。
所谓依他起性，顾名思义，就是必须依著他法才能出生的体性。譬如眼识，乃是依于眼根与色尘相接触后，才从第八识出生的法，是本无今有的法，所以是虚妄法。眼识既如是，耳识乃至意识亦复如是，都是依于根与尘相接触之后，而由第八识如来藏所出生的生灭法。又譬如当你晚上睡著了，意识不现行时，所以说意识灭了；需待明天天亮的时候，意根警觉所接触的法尘与天亮的境界相接近，因此意根作意促使如来藏流注出意识种子，所以意识就出生了，此现象即是世人所认知的“睡醒”了。意识在睡著时灭了，于天亮时意根作意促使如来藏流注出意识种子而醒来，可知意识是被生的法，是依于他法—意根及法尘相接触后—才从如来藏中出生的法。所以说，意识等见闻觉知心本身都是依他起的生灭法，不是真实法。
所谓遍计执性，即是普遍计度执著的体性。揆诸八个识当中，第七识末那具有恒时普遍计度执著的体性。譬如在正死位，意识虽已不现行，但第七识末那还是刹那刹那不断地分别、执著一切法，不断地作主。当如来藏开始舍身，末那识依旧是刹那刹那不断地在执著计度一切法，因此促使如来藏在身旁出生了中阴身；又如来藏舍身一分，中阴身也成就一分；如来藏舍身五分，中阴身也成就五分；如来藏舍身九分，中阴身也成就九分。犹如经论中 佛菩萨的开示【如步屈虫，先安头足，次后足随，其形屈伸，间无断绝】13、【死生同时，如秤两头，低昂时等】14。待如来藏完全舍身，中阴身就具足出现了，这时同样八个识具足，并且有小五通，可以见到有缘的父母和合；因为无明的关系，意根还是透过意识不断地分别及作主、起执著而生颠倒见，因而不正知入母胎 15。当第八识如来藏与第七识末那入胎时，中阴身随灭，前六识亦随之断灭不现，但是末那还是藉著受精卵而由第八识如来藏不断地变现法尘相分，让末那识去分别执著及作主；到了胎儿的五根身成长到可以接触外五尘时，末那仍是不断地分别执著六尘及作主；又末那于众生每天在睡著无梦，前六识不现行时，祂还是不断地分别法尘、执著及作主等等。由于末那不论在过去、现在，或者在未来的每一刹那，祂一直都在分别执著、作主，从来没有间断过，这就是末那的遍计执性，除非祂在入无余涅槃时才会消失以外。
综合上面所说，所谓的三性，就是圆成实性、依他起性、遍计执性，这三性乃是叙述八个识有三种体性，是站在唯识无生法忍道种智的立场，来叙述前六识有依他起性、第七末那识有遍计执性、第八识有圆成实性。又，再从另一方面来探讨这三自性。譬如眼识，祂的眼识种子是本有的，如《成唯识论》卷2 开示：
有义种子各有二类：一者、本有，谓无始来，异熟识中法尔而有生蕴处界功能差别。世尊依此说诸有情无始时来有种种界，如恶叉聚，法尔而有，余所引证广说如初，此即名为本性住种。二者、始起，谓无始来数数现行熏习而有，世尊依此说有情心染净诸法所熏习故，无量种子之所积集，诸论亦说染净种子由染净法熏习故生，此即名为习所成种。16
大意如下：
“有此一说（这是护法菩萨的说法）：一切有情的第八识如来藏心体内所含藏的种子可分为二类：一类是本有的种子，一类是始起的种子。本有的种子乃是指第八识心体含藏了五蕴、十二处、十八界的自类种子，是法尔本有的种子，不是本无今有，也不是熏习而有的；所以第八识能够藉著种种缘，出生有情蕴处界的五阴世间，而在共业有情的第八识所共同变现的器世间生活。始起的种子乃是指众生无始劫以来，不断地熏习白品法、黑品法，不断地改变第八识如来藏中所含藏的七转识相应的杂染种子，使得众生的第八识就有染净法的种子出现；这些不断熏习、不断变异而有的七转识染净诸法种子，名为熏习所成的种子。”从 护法菩萨的开示可知：眼识具足自类的种子，当眼根面对色尘境，从如来藏出生眼识这个见分缘于色尘相分，显现与外境非一非异的内相分色尘。外境是物质的色法，眼识所见的色尘则为似色相分境，二者不能说是同一个法，故名非一；但是眼识所见的相分是依外境而显现，与外色尘境界相一模一样，没有差别，故名非异。因此缘故，说眼识的体性法尔如是缘于色尘境；而这些法都是如来藏所具有的种子功能，都属于如来藏圆成实性所运作的对象；因此说，眼识是由圆成实性所运为的。又眼识的出生，不是祂自己能够出生的，而是以第八识为因，藉著眼根及色尘相接触为缘，才能从第八识流注现行眼识的种子而出生，不是眼识自己能够出生，所以眼识的现起属于依他起性；又眼识的现起，一定有色尘相分被眼识所缘方能呈现见分的了别相，这就是唯识学所说的相见二分 17。眼识的见分及了别行相二分出现时，眼识的见分一定会分别相分，不会不分别，因此吾人才能知道色尘的青黄赤白等显色。这一切的运作都不离意根遍计执性的作意，使得眼识对色尘有执受的存在，所以如来藏才会于根尘触处流注眼识种子而使眼识现起。由上面的分析可知，染污意根未断除遍计执解脱于相缚与粗重缚之前，眼识的现起必须同时具足三性（圆成实性、依他起性、遍计执性）才能成就。眼识既如是，其他的六个识（耳识、鼻识、舌识、身识、意识、意根末那识）亦复如是。由此可知：要对圆成实性、依他起性、遍计执性这三自性有初步了解，得要真见道开悟证得如来藏以后，转依真如进入相见道中，才能略知一二。像这样甚深极甚深、微妙极微妙的法，乃是菩萨于证悟后进修别相智时，透过具道种智的真善知识教导后，才能渐渐发起的智慧，而不是三贤位菩萨自己所能了知的智慧境界。既然，刚刚证悟具有总相智的菩萨尚且无法了知，更何况是二乘愚人乃至未明心的凡夫及外道所能了知？
已说三自性，接著再说三无性。三无性有二种说法：一者是以唯识学无生法忍的立场来说，一者是以如来藏本来无一物的极寂静之般若中观立场来谈。首先，以唯识学无生法忍的立场来观待，乃是菩萨依于依他起性的蕴处界以及意根的遍计执性，如实观待蕴处界以及所辗转出生的一切法，皆悉依于不生不灭的空性心如来藏藉著种种缘而出生的，都是虚幻不实的生灭法，没有能够自己独自存在的体性；众生不了知一切诸法的虚妄，就在这些诸法的法相样貌当中，由于遍计执而生起种种虚妄分别与执著。这也就是说，蕴处界及诸法等法的法相样貌，都是以圆成实性的如来藏为因，藉著种种缘而出生的，是故蕴处界及诸法等法是依于他缘而有，故为依他起性，当然是虚妄法；众生不了知其虚妄性，就在依他起性的诸法当中，起了种种虚妄分别与执著的遍计执性，因而妄造后有的生死业而流转不已。菩萨了知蕴处界诸法等法虚妄，也了知若离于蕴处界及诸法等法是不可能找到如来藏的；所以不离蕴处界及诸法等法的依他起性、遍计执性，而往离于见闻觉知及处处作主之方向去参究，而证得本来离见闻觉知的如来藏，亦即菩萨证得依他起性及遍计执性之根本所依的圆成实性——人、法二空所显真如。菩萨于实证具有圆成实性的如来藏以后，转依这个本来无生的如来藏，一者、不执著所证的圆成实性，因为执著圆成实性也是一种执著，名为法执，转依如来藏真如无我，因而能远离对圆成实性的执著。二者、渐渐远离对依他起性的蕴处界及诸法等法执著之遍计执性，因此对于依他起性之遍计执性就能够渐渐远离而清净。由于菩萨能够如实了知，并能够渐渐远离对三性（圆成实性、依他起性、遍计执性）的执著，故说菩萨证得三无性。如果菩萨能够这样观待，就说有了唯识种智的正知见，但还不能说是自己已亲证唯识种智之见地。
接下来是站在如来藏本来无一物极寂静的立场来观待三无性，也就是站在般若中观的立场来观待三无性。菩萨观待自己所证的本来自性清净涅槃的立场，是没有生灭无常之蕴处界及诸法等法的任何一法，是极寂静的境界，也是如来藏自己的境界。既然本来自性清净涅槃当中无有一法存在，那还会有圆成实性、依他起性、遍计执性等三性之存在吗？当然没有！既然没有这三性存在，故名三无性。如果菩萨能够
这样观待，就说他有了般若别相智的知见，然而却不一定是见地，除非他已经明心，可以如实现观这个本来自性清净涅槃的如来藏，才可以说他已经有了这样的见地。
又三自性与三无性的关系，是诸已证八识心王三自性的菩萨，为了使他能实证有余涅槃，故说三无性，这是依藏识的自住境界而说，并非说无三自性常住一切凡夫有情身心之中。因此，所谓无三自性，若是无依他起性，不仅没有蕴处界及诸法等法的存在，当然也没有意识觉知心可以闻、思、修、证佛法，那是谁修证三无性？若无遍计执性，则尚且没有无明及业爱种子，更无此世五阴世间，那是谁能修证三无性？若无第八识圆成实性，则依他起性及遍计执性皆无，尚且没有此世蕴处界，那还有谁能够于依他起性修除遍计执性而成就解脱果？若无第八识的圆成实性，尚且没有三界有情身心，那是谁修学般若及唯识种智而成就佛菩提果？所以，唯有已亲证三自性的菩萨，佛才会为他开示三自性与三无性等深妙法；尚未实证三自性的学人，当努力求证三自性，证已，方知第八识的三无性，都是依如来藏自住的般若中观境界，都是依唯识无生法忍境界而了知三无性，此即是 玄奘菩萨在《成唯识论》卷9 所说：【三颂总显诸契经中，说无性言非极了义，诸有智者不应依之总拨诸法都无自性。】18
由上面的分析说明可知，涅槃是有自性的，这些自性是佛为已亲证第八识如来藏的菩萨，更是为久学菩萨而说的，未证如来藏的菩萨（新学菩萨）难以思议涅槃有自性，所以才会有喇嘛教应成派中观的出家、在家二众妄言：“涅槃是没有自性的，如果主张有自性，那就是自性见外道。”19 等荒谬论点。因此缘故，喇嘛教应成派中观等六识论者，不承认涅槃有自性、不承认有第八识存在，是为拨无因果的断见外道。
---- 般若中观（连载24）----游正光老师 第九节涅槃的内涵（五）
注13《大乘同性经》卷上，《大正藏》册16，页642，中29-下1。
注14《瑜伽师地论》卷1，《大正藏》册30，页282，上16-17。
注15“四种入胎者，有不正知入母胎，住、出亦尔，是第一入胎；有正知入母胎，不正知住，不正知出，是第二入胎；有正知入母胎，亦正知住，不正知出，是第三入胎；有正知入母胎，住、出亦尔，是第四入胎。”《阿毘达磨大毘婆沙论》卷171，《大正藏》册27，页863，上11-15。
注16《成唯识论》卷2，《大正藏》册31，页8，中23-下3。在《成唯识论》，如果某一段论文当中出现了许多有义的说法，最后一个有义的说法，就是 玄奘菩萨所举出的正确论点，其余都是外道的说法。如果某一段论文仅有一个有义说法出现，那就是 玄奘菩萨所举的正确说法。
注17 在唯识学上，心、心所有法可分为四分、三分及二分之说法。四分乃是指相分（诸法法相样貌）、见分（对诸法法相样貌有分别及了知的能力）、自证分（了知自己所分别的诸法法相样貌）、证自证分（了知自己的存在乃至所处的状态）。三分是指相分、见分、自证分，将四分当中有分别性的证自证分摄归于自证分。二分是指相分及见分，乃是将四分当中有分别性的自证分、证自证分摄归于见分中。
注18《成唯识论》卷9，《大正藏》册31，页48，中3-4。
注19 譬如：“唯识、如来藏因为还是‘他空自不空’的‘他性空’论者，无法完摆脱‘自性见’，所以不是大乘佛教空性论的正义。”陈一标，〈他空说的系谱与内含—论印顺法师对唯识空性说的理解〉，《佛学研究中心学报》第11 期（2006 年），国立台湾大学佛学研究中心（台北），页249。