觉囊派创始人为宇摩．摩觉多杰（11世纪），五传到了更邦钦波．突结尊追（西元1243～1313）建立觉囊寺，觉囊派正式成立。八传到了更钦笃补巴．喜饶坚赞，是为最盛期。二十八传到了多罗那他（西元1575～1635）时，觉囊寺庙遍西藏康川各地，「他空见」如来藏思想达到为最高峰。
可惜觉囊派不见容于当时格鲁派的政治势力，在达赖五世的授意下，达布派与萨迦派前来共同挑战法义高下，在觉囊派历经多次的法义辨正胜利以后，每一次都随即被达布与萨迦派群众以刀杖杀害，寺院全被侵佔，多罗那他被达赖五世逐出西藏，最后所有寺院都被达赖五世洛桑嘉措（西元1617～1682）所接收，于是觉囊派被彻底消灭，还被诬指为佛教的破法者。
觉囊派的教法，在西藏完全与众不同，主张「他空见」，自称为大中观派，有别于中观自续派（红、白、花教）及中观应成派（黄教）。认为一切事物或现象都有实际的本体「如来藏」，本体绝对存在，本体常恒不变。一切事物或现象都包含在本体内，因此世人所感知的外境，都是本体所现起的影像；若离开本体，即无外境可言。而这本体本来「自有」，显现于外在的蕴处界等虚妄分别是「他空」，依此本体而说一切事物或现象是空。因此说，性空只能说是「他空」，不能说是「自空」。
更进一步解释说，一切色法是「本识」的功能作用，是由分别心所假立的，由假立的名色虚妄构成外境，所以世俗谛自体无实而空，故谓之「自空」，但是胜义法性的究竟是不空，只是被世俗谛的能执、所执误认为空，所以称之为「他空」，所以不论自空、他空都是世俗谛空。世俗谛无实，胜义谛不空，因此他空见远离断常二边，成为了义中观。此派的兴起，在当时的西藏引起极大震撼，故被认为是恶见，认为是邪魔外道，各派纷纷挞伐，这与今时平实导师被所有以意识为常的法 师居士们诬指为邪魔外道一样。其手法略举如下：
一、声论外道主张：万有皆是声的变易，声的自性无始无终，声的转变即是色等诸所有法聚合。意思是说，一切色、香、味、触等外境都是声音所转变而成，而声音的自体性是无始无终。挞伐者如中观应成派等，认为觉囊派的主张：如来藏所显示的坚固、不变、恒常、纯淨、大力等等功德，从本以来就已具备，而能生一切法。以此而认定觉囊派和声论外道的主张毫无差别，然两者差别甚多。
这就是中观应成派等，不证不解空性，把如来藏所出生的声尘视同如来藏，却引为证据来破斥如来藏法；其实声音本是如来藏所生之法，有生当然有灭，声论外道的立论基础已经是错误的，而中观应成派却不知其差异，引来破斥觉囊派正义，乃引喻失当之过失，所以此说不能成立。
二、数论外道主张：神我能了知一切有情自性，当神我想要贪着境界时，神我自性就会成为变易法，变为贪着性；然后神我受用外境，于是辗转生死，受诸苦恼；想要求解脱就要修静虑，三昧成熟，神我就少贪，神我自性就不变易，归于寂静，就是解脱。挞伐者中观应成派等，认为觉囊派主张：如来藏虽然自性常住，但是能出生贪着的妄心贪着境界受用，要透过瑜伽行灭贪，成为世俗谛空，显现惟一胜义谛。应成派中观妄言这种说法和数论外道全然相同，实际却相差甚多。
实乃中观应成派等，把觉囊派所说的如来藏比拟为数论外道主张的神我意识心，说是与六尘及贪瞋相应的；而真实的如来藏是六入不会，从来不贪着境界受用，从来无生死，从来不受诸苦等烦恼，从来不须解脱，因为本来就已解脱；本是寂静，所以不须修静虑。中观应成派不知其中的差异，或是故意含煳而说，所以应成派此说乃引喻失当之过，故此说亦不能成立。
三、米曼差（思惟派）外道主张：自心有垢，无法对治。而挞伐者如中观应成派等，认为觉囊派主张：如来藏有染污，因此诬指为与米曼差外道相同。
其实米曼差外道主张的自心有垢是绝对的，因为污垢已深入心性，是无法改变的，是不能对治的，所以认为世间无圣人。而觉囊派所说的如来藏是自性本已清淨的，但是内藏无量无边的七识心相应的有漏无漏法种，及无量无边的异熟等流业种；透过修行可使由如来藏执藏、前七识才会相应的的染污法种、业种转为清淨，凡愚就可成圣、成佛。而中观应成派等未证空性如来藏，严重误会觉囊派的如来藏义理，认为觉囊派与米曼差外道主张相同；这是因为不能证解如来藏体性，所以引喻失当，故此说仍不能成立。
四、吠陀（经典派）外道主张：一切有情世间及器世间，都是大梵天所造；小我是迷相，因此要弃舍小我、併入大我中，常住于解脱自性的大梵天大我之中。而挞伐者应成派中观，认为觉囊派主张世俗是迷，要翻转为胜义真常，与此外道主张除名言不同外，义理相同。
应成派以此似是而非的理论，让一些无智者甚觉有理，其实都是严重误会觉囊派的法义。大梵天也是世间有情，有情能出生到梵天中，这个能生于梵天中的有情又曾是人间其他的有情所生，因此大梵天并非世间第一位有情；照此理论推之，只有第一位有情才能造有情器世间，而第一位有情不可得，因此梵天能造有情器世间的说法并不能成立。
又所谓有情就是七转识，七转识是无常变化的，是如来藏所生，出生以后与如来藏共同运作，显示于外法中而被众生所了知；含藏在如来藏内的是七转识所引生出来的无明业种及法种。而如来藏从本以来无生，本体清淨无为，故非有情；祂能生七转识，所以又非无情。挞伐者如中观应成派等，把有情世间迷相的小我，安立在同是世间小我的虚妄解脱之梵天大我，如此比拟如来藏，是引喻失当，故此说终不能成立。
注：以上文章摘自《广论之评议》作者，正雄居士。
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特别注释：
觉囊派第28代法王-多罗那他以《时轮金刚》为掩护，传播“他空见”正法。据学者研究，多罗那他著述有270多种，内容涉及教法教派历史，寺院志，人物传记，经典论疏。《印度佛教史》《后藏志》《觉囊道次第》《“中观他空思想”要论》，等著作已经翻译为多国文字。
多罗那他21岁主持觉囊寺，时正值战乱，后藏区很多寺院被破坏，僧人散失严重，多罗那他却“正教逢缘，上下和睦” 。多罗那他依靠自己的才智，得到了藏巴汉等人的信任和礼遇，使觉囊派进入了笃补巴．喜饶坚赞之后的第二次辉煌。
1642年，五世达赖、四世班禅联合固始汗（蒙古）灭藏巴汉。扶持黄教格鲁派，用前后藏之税收奉献五世达赖作为寺院费用。藏巴汉资料不多，有待查证。
密教的 各种次第 虽然套上了诸多佛教名相，几乎都与佛教正法无关。歆慕密教者名愚痴人，以密教代替正法者是地狱种姓。
藏地正法消失，只剩下了“男女双修，气脉明点”等外道法， “大手印，大圆满”等法，也是意识境界的修法，与正法无关，不能证果。