六识论的起源是因为部派（佛教时）的声闻人，误会佛所说的真实理啊！因为佛就是以第八识来说一切的蕴处界虚妄，也是以第八识来讲第八识的种种中道性，也是依第八识讲八个识种子的智慧。可是六识论的人却误会了，就只采取六识（否定七、八识）而成为六识论，最后分成为两个（密宗的）中观派：第一个中观派主张世俗谛无、胜义谛有，它知道有如来藏第八识的存在，可是在哪里？无法证得，所以就用意识取代了。
他们有几个主张：一、他们主张他们所讲的是最究竟最的法，他们把佛法分为九乘：九乘的最高点就是最究竟最的法。这个法本身是超过语言文字，本身就存在，你不需要做任何的加功用行就可以证得了，所以你只要认识它、找到它就可以了。我们从一个例子来对它加以说明，有一对师徒，有一天晚上躺在草地上，师父对徒弟这么开示：你看见天上的星星没有？徒弟说：有。师父又说：你听到狗叫声吗？徒弟说：听到了。师父说：那我在这边说法，你知道我在讲什么吗？徒弟说：知道。于是师父就说：最究竟、最的法，就是这样，如此而已啊！
那我们来针对这个问题加以探讨。既然能见能闻能知本身就已经落入眼识、耳识、意识当中，已经落入识阴当中了，这个法怎么会是最究竟、最的法呢？所以他的说法都错了！如果有人主张了了常知的心就是菩提心，那你就知道他的落处是什么了。乃至于有人主张：师父在台上说法的这念心，你们在台下听法的这念心，就是菩提心。那你也知道他的说法错了。
接下来，有人主张用明点脉气来修四禅八定，然而他们所说的却是与佛说断烦恼所证的四禅八定无关。为什么呢？因为佛所说（见道者若想）要证四禅八定，一定要先证得初果须陀洹，接下来是薄贪嗔痴，再接下来就是把男女的最重贪断除了以后，就可以发起初禅了。可是他们却不是这样子，却是透过乐空双运、乐空不二，这本身就已经落入在识阴与受阴当中了，这怎么会是真实法？由此可见，他们所说的要证甚深的禅定以及有大神通乃是虚妄语啊！乃至于有人主张：要透过身心内外轮器的无明染污加以净化，把粗糙的色身转变为细身明光，即把粗糙的色身转变为五色光或七色光，说之为佛光。可是佛的身光有金光跟白光，金光是智慧的表徵，白光是定力的表徵，而白光能够使金光更加的光明；可是他们却将佛光说成五色光或七彩光，这不是佛光，乃是鬼神光。另外，还有人主张，要透过某一个金刚法，用这个金刚法（男性生殖器官坚挺不软名为金刚）来主张乐空双运、乐空不二，本身就已经落入了色阴、识阴与受阴当中，这个法怎么会是真实法呢？如此可知他们的说法错了。
（以上说的是应成中观派）接下来就要谈另外一个中观派（自续中观派）。这个中观派主张世俗谛无、胜义谛也无，所以他们不承认有一个第八识根本心存在，所以他们主张一切法无自性，一切法缘起性空。因为这样，就落入了断见外道中；可是他怕被人家说成断见外道，所以就反执意识心为常，所以就主张（人类只）有六识，认为意识心是一切染净法之根本，祂可以从过去世来到今世，从今世去到未来世。可是佛说这个意识心不是真实法，祂是虚妄（的生灭）法，怎么有可能从今世去到未来世？又从过去世来到今世呢？由此可知，他们的说法都错了，所以这个中观派，就堕入在断见与常见当中了。然而，这两个中观派不仅落在识阴与受阴当中，而且他们（同样）主张的乐空双运、乐空不二的说法，也是非常荒唐的，因为本身就已经落入色阴、识阴与受阴当中了。
接下来，我们要来看，六识论者为什么会有这样的主张？因为这个第八识真的很难亲证，那我们从经典来证明，来看经典怎么说：【大慧！如是藏识行相微细，唯除诸佛及住地菩萨，其余一切二乘、外道定慧之力皆不能知。】（《大乘入楞伽经》卷8）也就是说，佛说：大慧菩萨啊！这个如来藏识就是第八识，祂的运行法相非常微细，唯有明心住于如来藏境界的菩萨能少分了知，唯有佛才究竟了知。既然只有佛跟菩萨能了知，那当然不是二乘人与外道穷尽定力与慧力所能了知。
这我们可以从三德加以说明。所谓的三德，就是法身德、般若德以及解脱德。法身德，指的是祖师们透过参禅的方式，用见闻觉知往离见闻觉知的方向去证得本来离见闻觉知的第八识，（第八识是万法的所依身）所以就有法身德；因为有了法身德以后，就有了般若德，有了般若德以后就能够渐渐的通达二转、三转法轮的经典；然后以法身的立场来观待这个蕴处界的诸法，都是从第八识法身来的，并且从现象界也可以看到蕴处界与诸法都有生住异灭的现象，所以就有了解脱德。
可是阿罗汉呢？他只是愿意自我消失，愿意将自己的蕴处界诸法灭尽，所以不在三界里面现行了，所以说他只有解脱德。菩萨有三德，阿罗汉只有一德，所以说阿罗汉在菩萨的面前怎么会有说话的余地呢？既然二乘人在菩萨面前没有说话的余地，更不用说外道跟凡夫了，当然更不知道菩萨所证的内涵了。由此可知：第八识才是佛讲的真心，八识论才是佛所讲的。那我们今天做一个总结：我们已经从经典和禅宗祖师所证悟的心体，来证明八识论才是佛所说的，六识论是相似佛法；我们也可以从六识论的起源来探讨，发现有两个中观派，其中一个（自续派）堕入在常见，另外一个（应成派）堕入了断见与常见，两者本身又都主张乐空双运、乐空不二啊！然而，为什么他们会有这样（错误）的主张？最主要的就是因为第八识真的很难亲证，因为祂的行相非常微细，不容易证得，（而六识却是凡夫们都可以现前观察实证的）由此可知，第八识才是佛所说的，六识论不是佛说的，乃是相似佛法，不名为佛法。