无上瑜伽密教在印度流行了一个多世纪以后，正值伊斯兰教入侵印度，因此促成印度教与无上瑜伽密教结合，无上瑜伽密教大量吸收印度教的内容，譬如将印度教有关大我、小我之梵我一如、梵我不二的想法等，纳入无上瑜伽密教修行体系内等等。由于伊斯兰教的入侵，促使无上瑜伽密教更加与印度教联合起来共同对付敌人，这就是无上瑜伽密教越来越同化于印度教的原因。以此缘故，平实导师在《邪见与佛法》曾开示如下：
密教化的佛教因为吸收太多印度教的祭神求有为的法以后，反而被印度教同化了，变成印度教的附属品，释迦牟尼佛就被收编成印度教的护法神。本来他们是护法神，现在变成释迦牟尼佛是印度教的护法神，佛教就消灭了。1
到了公元十二世纪末、十三世纪初，正值中国南宋期间，伊斯兰教继续侵略印度，摧毁那烂陀寺、超岩寺2，因此造成印度无上瑜伽密教灭亡，所以历史上伊斯兰教所灭的“佛教”是无上瑜伽密教，不是真正的佛教，因为当时印度所谓的佛教早已密教化、早已灭亡了。这段史实有一位学者的描述如下：
完成了独立体系的“正纯密教”，是于第七世纪成立的，而它的繁荣地带，主要是在西印度至南印度的地方，不过从它的内容看，第八世纪的前半，可说是它黄金时代。至于其正纯密教渐分化和俗化，则渐带有左道密教的倾向，而得到波罗王朝（Pala-dynasty）的庇护（拥护）而繁荣于中印度地方，但，那是已失去了正纯的密教精神，而堕于邪道的。到了第十三世纪初，其邪道化的密教，也被回教徒所灭，竟在印度国土上，完全绝灭了密教的痕迹。3
亦如平实导师在《楞严经讲记》第一辑的开示如下：
很多人考证说天竺佛教是灭在西元十三世纪，当时是回教军队把印度的佛教国家波罗王朝打败了，所以佛教就灭亡了；可是他们都只看到表相，其实是在第十世纪末、十一世纪初，整个佛教已经全面转变成密宗的时候就已经灭亡了，那时已经只剩下佛教表相的空壳子；本来是佛教的寺庙，已经被一群穿著佛教法衣，并已在佛教中剃度、受戒的外道取而代之，全面弘扬外道法了（学术研究者称之为坦特罗佛教，就是印顺说的晚期佛教。坦特罗，今时新闻媒体新译为“谭崔”），真正的佛法完全不见了。4
所以伊斯兰教所灭的印度佛教其实是密教，而不是真正的佛教，因为真正的佛教早在伊斯兰教灭除密教之前，就已经被密教化而消灭了。由于伊斯兰教消灭了印度的无上瑜伽密教，有一部分无上瑜伽密教行者因而逃亡到尼泊尔，或者经过喀什米尔（印度北部）到中国康藏等地区，尤其是与印度接壤的西藏；无上瑜伽密教行者于是在西藏地区开展出另一番新的局面，使得密教得以死灰复燃，乃至后来遍布于全世界。
然而，要说明西藏无上瑜伽密教发展过程之前，则需要先叙述西藏早期弘扬密教的一些过程及背景，才能回来延续说明无上瑜伽密教在西藏的开展。西藏的佛教于公元四世纪中叶的藏王拉托托日年赞5（有人翻译为拉妥妥日栗赞）时期开始传入。公元七世纪中叶，松赞干布建都于逻些（今拉萨市），国号为大蕃、吐蕃，并归依了佛教；他先后娶了尼泊尔的赤尊公主和唐朝的文成公主，“通过联婚与这两个国家结盟。从这一时期开始，印度与中国的传法僧开始涌入吐蕃。他们逐渐促成了佛教文化在吐蕃的发展”。6因为这样的缘故，西藏地区的密教于后来逐渐形成四大派（宁玛派、萨迦派、噶举派、格鲁派）以及若干小派，所以有一位学者提出这样的主张：
“当公元七世纪佛教正式传入藏土之际，印度佛教已经发展到开始盛行密宗的阶段。因此，佛教传入藏土一开始就带有印度后期佛教（密宗）的特色。”7由此可知：西藏于公元七世纪以后所引入的，正是印度的密教，而不是真正的佛教。又公元八世纪后半叶，藏王赤松德赞迎请印度僧侣寂护（又名静命）及弟子莲花戒入藏，后来首都拉萨降下雷电、冰雹，以及有传染病等不吉利现象出现，赤松德赞遂应寂护建议下，邀请精通咒术的持明密教行者且被称为“西方极乐世界的无量光佛，与普陀山的观世音菩萨所具足示现的化身”8的莲花生（莲华生）入藏。所以有一位学者说，藏王赤松德赞所邀请的僧侣，其实都是密教的行者，如下：
为对抗咒术性的笨教所招来的印度佛教则正好是所谓的秘密佛教。不管是寂护或是莲华生，以及当时所有的入藏僧，皆是熟稔印度末期佛教─密教的教义、仪轨的僧侣。9
由此可知：从公元七世纪以后，西藏所引入的“佛教”其实是密教，而不是真正的佛教；所引入的僧侣如莲花生、寂护及莲花戒等人，其实是密教的行者，而不是真正佛教的行者。
又莲花生及寂护于公元774年，模仿北印度阿敦达布日寺（亦名高翔寺，位于释迦世尊成道处附近）为蓝本，在西藏山南地区扎囊县雅鲁藏布江北岸建立了吐蕃第一座出家僧寺桑耶寺10，不仅成为当时宗教活动中心、文化教育中心，而且也成为译经的专门场所，为喇嘛教打开新的局面，不仅立足于西藏，而且也开启了西藏早期伏藏11的开端，其中《中阴救度密法》，也就是《西藏度亡经》，传说正是莲花生所埋的伏藏之一，如一位学者所说如下：
《西藏度亡经》相传是西藏圣者莲花生大师的遗著。公元8世纪，莲花生大师在西藏传播佛教的时候，曾嘱咐他的门徒将许多密宗的典籍从梵文译成藏文，并且将其中的一部分埋藏在山郊野外比较隐蔽的地方，后人便称之为“伏藏”。同时，他把一些瑜伽功夫传授给他的若干弟子，以便在适当的时候把这些埋藏的经典取出来。不用说，《西藏度亡经》即是其“伏藏”之一。12
又莲花生为了避免与当地苯教13（有人翻译为笨教、本教）起冲突，故意创造一些不如实的事迹来骗当时的藏族人民，有一位学者所说如下：
他曾以密教学者的身分活跃于那烂陀寺，但入藏后为了推广佛教，便巧妙地想出与西藏固有宗教─笨（Bon）教融合的教义。他创造一种本地事迹说，强调在他之前已传流到西藏，属于无著系统的瑜伽派所信奉的诸佛菩萨和笨教所祭祀诸神的相似处，并宣称龙树系统的中观派诸佛菩萨化身为笨教诸神，显现于土。藉著这种方法，免除了笨教或笨教徒所将可能引起反佛教势力的障碍。14
由此可知：莲花生居心叵测，故意捏造妄说苯教与龙树菩萨、无著菩萨一脉相连以及诸佛菩萨化身为苯教的护法神等等，以此来欺骗藏族人民相信密法，使得莲花生在西藏地区弘扬密法时可以很顺利地立足而流传下来，他因此开创了西藏密教的重要派别，史称为宁玛派，亦名古派、旧派。莲花生将密教法传入藏地而故意妄称为佛教，使得藏族人民千年以来接受密教的误导及身心的荼毒，实在很令人痛心。又宁玛派重密轻显，组织松散，无正规的学经制度，因僧侣戴红色僧帽，遂有红帽派或红教之称。由此可知：莲花生本身是密教行者，从莲花生以降所成立的密教派别，包括后来的萨迦派、噶举派、格鲁派等四大派以及若干小派等（觉囊派除外），所传都是密教的法，不是真实佛法。
又，后来的宁玛派行者，为了提高自宗的地位，替莲花生造势，使得莲花生从没没无闻的地位到被人吹捧乃至有第二佛15之称，所以有一位义大利藏学学者图齐（有人翻译为图奇）对此说法提出质疑如下：
在佛教的前弘期，莲花生的作用并不十分明显，名人的记载有些夸大其辞。如前所述，有的史料说他参加过桑耶寺的筹建，有的说他没参加过，但大部分史料却一致说他参加过桑耶寺的筹建。但是关于他在西藏逗留的时间却说法不一，有的说他待了几个月，有的却说他待了好几年。至于他被迫离开西藏的时间，几种说法却是一致的。简单地说，所有关于莲花生的记载看起来都是模糊不清，甚至是相互矛盾的。关于莲花生个人德性的记载、关于赤松德赞以及佛教前弘期在西藏发生的故事，都披上了一层传奇色彩，其中的某些细节是在大约十四世纪时，由后人补充进去的，行文中运用了许多褒奖、歌颂性质的词语，带有很重的粉饰的痕迹。这些记载为著名的《伏藏》典籍，如《莲花生遗教》、《五部遗教》提供了基本史料。
只有在佛教再次兴起之后，在人们的过分宣扬下，莲花生这位法师的形象才变得异常高大，几乎成了第二个佛陀，因此他也就遭到了格鲁派的强烈反对。16
由此可知：莲花生所谓辉煌的历史，乃至被后人吹捧而有第二佛的称呼，都是后人伪造添加的，根本没有这样的事实存在。所以才会有如上述外国学者所提出这样强烈的质疑，说那是后人为了拉抬己宗身价，而将莲花生追捧为“第二个佛陀”。像这样夸大不实的作法，乃是大妄语，实在太不应该了。
公元841年，朗达玛禁止喇嘛教在吐蕃境内流传，使得密教于往后的百年之间陷入黑暗时期，并以父子、师徒、叔侄相传的秘密方式在民间延传下来，直至公元十一世纪中叶，乃由仁钦桑布复兴莲花生所传的密教；所以学者称仁钦桑布复兴以后的时期为后弘期，而松赞干布传入密法，经历朗达玛灭佛，一直到仁钦桑布复兴以前，则称之为前弘期。而宁玛派曾在达赖五世罗桑嘉措积极支持下，有一段辉煌的时期；目前该派虽然遍及整个西藏地区，但以四川甘孜地区、西藏山南地区为主要根本道场及活动中心。
噶举派的出现，则大约在公元十一世纪中叶，相当于中国的北宋年间，由马尔巴所创立。噶举派在藏语是口传的意思，强调师徒口耳相传，所以噶举派又名为口传派；另外，噶举派僧人的僧裙中有白色条纹，又被称为白教。在西藏历史上，噶举派是最早实行活佛转世制度的派别，第一位“转世活佛”就是噶玛噶举派（黑帽系）的噶玛拔希。“活佛”一词在藏语名为祖古、朱古，蒙古语为呼图克图，是为“化身”的意思。为什么在西藏地区会有活佛转世制度的产生？这牵涉到西藏社会内部、、经济等因素在内。就西藏社会内部因素而言，有一位学者解说如下：
据一般的说法向来认为西藏佛教内活佛思想得以存在的理由，第一是由于受到佛教传入之前，就已定著于西藏的土著宗教—笨教的影响。笨教以为宇宙间浮游著无数的灵魂，世间的吉凶祸福完全是因为这些灵魂而产生的，经由修业行者来灵魂，攘灾消福。由于此笨教渗入西藏思想中，遂造成活佛思想的产生。第二个理由是西藏人的民族性中有承认宗教灵威的倾向。无论是西藏人葬仪的作法或是古派的世袭法等仪式，都显示出西藏人的思想中有强烈肯定宇宙间有某些灵的东西存在的趋向，这种民族性造成西藏内允许活佛存在的结果。第三为现实的理由，十四世纪由于宗喀巴实行宗教改革，禁止僧侣肉食、带妻，原本经由世袭产生的喇嘛，自此很难选出后继者，于是活佛思想受到利用。17就、经济因素而言，则如另一位学者所说如下：
西藏虽在十一世纪陆续产生新的教派，但教派之间属于宗教观点上的差异其实相当有限，教派之间的倾轧，并非教义之争，而主要是对寺属庄园和属民的争夺，因此，与各地方家族挂钩，甚至联系外在强势的政权，就成为各教派生存的基调。18
由于活佛转世制度牵涉到许多因素的影响，这位学者对活佛制度的产生提出了综合性的看法如下：
这个制度是一个历史情境下的产物，它是西藏佛教教派在面临发展转机，却又须守持不能婚娶的戒律，期望新的继承者能够承继原先的上师全部的威望、地位、财产，以能使教派完整的发展，不致因上师的圆寂而致分裂或中断所形成的体制。19
所以活佛转世制度，乃是藏密为了适应社会历史等因素发展及需要，为解决其领导人继承问题而建立的一种特殊宗教继承制度，也是密教行者将佛法的轮回说法、寺庙的利益，以及世俗的世袭制度相结合的一种特殊制度，后来广为西藏各教派所采纳，成为西藏地区专有，而且有一整套的完整制度，如一位学者所说如下：
活佛转世这一新生事物相继被各教派所普遍采纳，并在长期发展过程中，逐步形成了对于活佛转世灵童的卜卦、寻找、认定、教育、供养，以及信奉等一整套制度。20
这告诉大众：活佛转世制度在西藏地区是一种很特殊的宗教文化现象，也是别处所没有的制度。亦如另一位学者所说如下：
总之，活佛转世是藏传佛教在佛教界乃至世界宗教领域中的一大创举，也是世人所瞩目的一种特异的宗教文化现象。21
此外，噶举派最核心的修法，就是那洛巴的那洛六法，它包括了拙火瑜伽、幻身瑜伽、明光瑜伽、梦瑜伽、中阴瑜伽、转识瑜伽，成为西藏密教行者所必修行的瑜伽。至于那洛六法的详细内容，将于第三章第二节到第七节作完整说明，在此不予赘叙。（待续）
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1参104，页97。［参考书籍104：平实导师，《邪见与佛法─当今之邪说外道及佛弟子应有之认识》，佛教正觉同修会（台北市），2013/3初版16刷。］
2超岩寺，又名超戒寺、超行寺，为波罗王朝达摩波罗王在恒河南岸小山上所建立的寺庙，其规模超过那烂陀寺，也是以密教为中心的著名寺院，当时有许多密教行者出自于该寺。于公元1203年毁于伊斯兰教之手。
3参43，页25。［参考书籍43：（日本）栂尾祥云著，张曼涛编，〈密教史〉，《密宗教史（密宗专集之二）》，大乘文化出版社（台北市），1979/3初版1刷。］
4参102，页217-218。［参考书籍102：平实导师，《楞严经讲记》第一辑，正智出版社（台北市），2009/11初版首刷。］
5【吐蕃第二十七代赞普拉托托日年赞时，约当公元333年，佛教最初在西藏出现。但此时仅获得一些经函而已，尚未有书写、翻译、念诵等佛教活动。而佛教正式传入西藏，是在松赞干布时期。】参61，页6-7。［参考书籍61：尕藏加，《人类奥秘大开放—藏传佛教密宗》，中国社会科学出版社（北京市），1994/10初版1刷。］
6参42，页15。［参考书籍42：（印度）师觉月（Bagchi,P.C.）著，姜景奎等人译，《印度与中国：千年文化关系》，北京大学出版社（北京市），2014/1初版1刷。］
7参63，页16-17。［参考书籍63：尕藏加，《密宗─藏传佛教神秘文化》，中国藏学出版社（北京市），2007/1初版1刷。］
8参26，页64。［参考书籍26：莲花持明，《桑耶大师─莲花生大士全传（三）》，全佛文化事业有限公司（台北市），2006/12初版6刷。］
9参44，页44。［参考书籍44：（日本）矢崎正见著，陈季菁译，《西藏佛教史》，文殊出版社（台北市），1986/10初版1刷。］
10桑耶寺中心的主殿有三层，兼具藏族、汉族、印度三种风格，因此也被称作三样寺，所以有一位学者说：【桑耶寺是世界上规模最大的一座立体曼陀罗。】参61，页115。
11伏藏，天竺古来就有，并不是西藏地区密教各派所独有，但是西藏地区则是从莲花生开始，将经书、雕像、法器等埋在某个地方，如寺院、山洞等处。朗达玛灭佛一百多年后，随著西藏密教势力的抬头，各地寺院也开始将以前所埋藏的密续等物重新公诸于世。在16世纪以后，这类被称为伏藏的密续等物，在西藏地区大量出现。参见维基百科网址：http://zh.wikipedia.org/wiki/%E4%BC%8F%E8%97%8F（撷取日期：2013/12/19）
12参68，页125。［参考书籍68：黄维忠，《佛光西渐：藏传佛教大趋势》，青海人民出版社（西宁市），1997/1初版1刷。］
13苯教，在密教尚未传入之前，原是西藏地区固有的宗教，类似内地古代的巫觋，以占卜休咎、祈福禳灾、治病送死、驱逐鬼神等活动的人，女人名巫，男人名觋。由此缘故，一位学者更直接表明：【苯教是吐蕃的巫教。】参39，页315。［参考书籍39：（义大利）图齐GiuseppeTucci）著，耿升译，《西藏宗教之旅》，中国藏学出版社（北京市），1999/9初版1刷。］
14参44，页41。
15【伟大的金刚持明王，在藏密中被视为第二佛的莲花生大士，所示现的庄严广大事迹，时至今日，尚被众生传诵不绝。】参24，序1。［参考书籍24：莲花持明，《莲花生─莲花生大士全传（一）》，全佛文化事业有限公司（台北市），2009/6初版5刷。］
16参38，页7。［参考书籍38：（义大利）图齐（GiuseppeTucci）著，刘莹·杨帆译，《西藏的宗教》，桂冠图书股份有限公司（台北市），1997/4初版1刷。］
17参44，页116。
18参69，页245。［参考书籍69：王俊中，《五世达赖教政权力的崛起》，新文丰出版股份有限公司（台北市），2001/11初版1刷。］
19参69，页243。
20参63，页16。
