——解析《般若锋兮金刚焰》的邪说
当格鲁派对外的争战尚未完全止息时，于内达赖五世与扎巴坚赞之间的斗争，则已如火如荼的展开。扎巴坚赞在对外斗争期间选择倾向藏巴汗那边，而达赖五世对扎巴坚赞的不满，则表现在1642 年甘丹颇章政权成立之后，在拉萨举办的祈福大会上。班禅四世将扎巴坚赞的上师法座给取消了，只给他安排一个等同于普通僧人的羊毛软垫座位，因此扎巴坚赞拒不出席。
1652 年，格鲁派势力已经压倒各派，顺利夺取西藏政权之后，达赖五世出发上京觐见清朝顺治皇帝。隔年一月，两方安排相会于京师南苑，日后，顺治又赐给金印金册，正式将达赖喇嘛称号册封给阿旺洛桑嘉措，并且册封固始汗为遵行文义敏慧固始汗，亦赐给金印金册。透过这一次对达赖喇嘛与固始汗的册封，标示著清朝正式将西藏地区、青海地区与一部分蒙古地区收归版图，加强了清朝中央与地方政权的领属性与密切性，并且也大大提高了清廷政权与达赖政权两者创建初期的绝对性与正当性。
达赖五世在1653 年由哲蚌寺迁入布达拉宫，以此摆脱扎巴坚赞势力的侵扰，自此以后历代达赖都居住于布达拉宫。哲蚌寺上府邸喇嘛扎巴坚赞，也就是达赖五世的政敌，于1656年时突然罹患热病，不久即死；跟随扎巴坚赞的哲蚌寺喇嘛们，不满达赖五世与掌管世俗事务的第巴 1之统治，开始散布传言，说哲蚌寺内的灵塔夜里常常发出怪异声响，并且还说扎巴坚赞是被第巴害死的，所以第巴身体才会开始遭受恶病缠身。于是，达赖五世再次请示于格鲁派神灵大护法“卑哈”的代言人“乃琼”，此事应该如何处置。藏地的喇嘛教，尤其是萨迦派、宁玛派与格鲁派，本质上都还是迷信于鬼神力量的谭崔巫术信仰，因此敌对的各派，彼此之间都会进行镇魇、降伏、灭敌、诛杀等咒术活动，希冀以此降伏对方。格鲁派各大寺院皆有属于自己的神灵护法，遇到重要事情时，都要举行降灵仪式，听从神灵的指示处理事情。如果是非常重大的事情，还会多方降灵，再综合指示，作出决定。选择历代达赖灵童与班禅灵童时，也规定要举行降灵仪式，听从指示。但是，实质上则是派系角力，偏庇亲党的权力斗争的结果。
注1 清朝时期西藏地方的最高政务官名称，即藏王之意。
再说，达赖五世自己就是一个重度信受梦境、感应、施咒与听信鬼神指示的人，这在他自己写的《五世达赖喇嘛传》里面俯拾皆是，清楚地记载著。在达赖五世即位初期，就将原先供奉在桑耶寺的格鲁派护法鬼神“乃琼”，迁徙到哲蚌寺；如此，当遇到重大的事情，即可马上请示应如何处理。对于扎巴坚赞这个达赖五世的政敌死后，要火化他的遗体时，乃琼就曾指示，达赖不宜出席在哲蚌寺，应前往布达拉宫举行七天的祈福禳灾仪式。《五世达赖喇嘛传》里就记载著，达赖五世停留在布达拉宫的其中一夜，梦到自己与第巴两人光著脚ㄚ，在漆黑的雨夜中，从被军队包围的马队里逃遁出去。
达赖五世自己在书中还下了个结论，说这是：“凶兆。”不久，上府邸内灵塔开始出现怪异声音，弄得人心惶惶。于是乃琼指示：拆毁灵塔并将扎巴坚赞火化后的遗骨扔到河里。后来，遗骨被山南“道曲美噶姆”当地的民众发现打捞上岸，引起轩然大波，更认为他在当地造成一些传染病及死亡的灾难。最后只好由达赖五世出面于河畔为扎巴坚赞建造依处，取名多结，一来安抚民众，二来扎巴坚赞的魔魇作祟，冀求息事宁人。然而，事件并未落幕。
《五世达赖喇嘛传》记载：
以此，扎巴坚赞去世后按护法神的指示，以及所有僧众的意趣，彻底清除了扎巴坚赞的府邸和灵塔等遗物。但问题仍然没有得到解决，一些地区人畜发生瘟疫导致死亡，社会上到处议论纷纷，认为这无疑是那怨鬼作祟之故。因此，当初五世达赖喇嘛以大慈大悲在山南“道曲美噶姆”为这怨鬼建立所依处，不但没有得到结果，反而变本加厉地加害当地人。在此前提下不得不采取威猛之法。《杜格乐天衣》中：
（藏历木虎年公元1674 年）因无身魔鬼气焰嚣张，以比丘洛追捷瓦为金刚上师，采取密宗威猛之法。这对所有厉鬼，尤其对‘道曲美噶姆’之怨鬼采取密法进行焚魔诛灭法会，为西藏民众建立安然气氛。……在‘道曲美噶姆’因发邪愿成极为凶猛的厉鬼，对所有众生及教法带来危害，尤其是自藏历火鸡年（公元1657年）以来更为严重，几乎无人不受其害。藏历土鸡年（西元1669 年）年底对此建立所依处，并安置一些财物，让他安住此地，然事与愿违，其危害性变本加厉。最近，许多僧俗民众染疫疠，少数僧侣已失性命。因此，寺院僧侣均异口同声要求采取威猛之法。
自此，以达赖五世为首的格鲁派僧人为扎巴坚赞定调，将其说成是转世的厉鬼“多结”。并且在1674 年对扎巴坚赞执行大规模的威猛诛法法事。经此法事之后，多结鬼魂作祟传言之说，才逐渐销声匿迹。此次事件从层面上来说，自1654 年固始汗死后，继位者达延汗忙于处理自己蒙古内部的内哄斗争事件，对西藏事务也就无心处理，达赖五世与第巴趁机揽权独断行事，对政敌展开无情打击，自是理所当然之事，假托鬼神之言，只是趁势推托之词而已。自此以后，格鲁派与喇嘛教其他各派的明争暗斗2
注2 西藏多麦区域研究凶天小组著，见悲青增格西等译，《护法神vs 厉鬼—西藏护法神的研究》，雪域出版社（台北市），2010.4 初版1 刷，页90-91。
上，达赖五世明显地势力增长大占上风。达赖五世死于1682 年，而这个被达赖五世等人赋予称号“多结”的恶鬼扎巴坚赞亡魂，经过达赖五世等人这么一番宣传，更成为了法力极为凶猛高强的面貌，从此“多结”在藏地几乎是家喻户晓，大都晓得西藏有这么一位法力高大强烈凶猛神灵的存在。于是喇嘛教各派，此后为了各自斗争的需要，或是格鲁派要打击敌人时，或是内部斗争需要时，或是别派要对格鲁派势力进行打击时，祈请“多结”护佑自己、降灾给对方的活动就会兴起；直到近代，班禅九世与达赖十四世也都祭祀过“多结”。班禅九世是为了打击敌对势力好让自己回藏重掌政权，达赖十四世则是为了打击解放军进藏的力量。如今，位处印度北边达兰萨拉以十四世达赖为首的势力，则称呼供奉“多结”的反对势力为“凶天集团”，并且对其进行无情的武力斗争等打击行动；而供奉“多结”的势力，则称呼“多结”为“雄天护法”，反对达赖流亡政体的领导政策，亦同样会采用无情的武力斗争打击对方，双方在北印度与国际间彼此的争斗时有所闻。
当时，厄鲁特准噶尔部的领导噶尔丹，于1671 年兴起于天山南北麓，逐步侵吞厄鲁特其他各部，并于1688 年攻击清朝属地漠南蒙古，挑起战端。之前，达赖五世去世时，事务总管第巴桑结嘉措为了维护自己的权力，密不发丧，此时看准噶尔丹的势力大起，想要利用他来驱逐出和朔特蒙古汗王在西藏的势力。因此在表面上，接受清廷的征召，同意藏军与和朔特蒙古汗王等部共同征讨噶尔丹，实际上在暗地里派使节与噶尔丹互通声息，不愿清廷获胜打坏他的计划。1696年康熙亲率大军追击，噶尔丹大败，第二年，噶尔丹势穷。清廷又从藏人口中得知达赖五世早已死亡多年，康熙大怒，派人斥责桑结嘉措。第巴派人进京禀白解释，祈求谅解，清帝以安定边疆、不生事端为贵之考量，隐忍此一事件而宽宥其罪，并且承认及准许桑结嘉措隐匿达赖五世死亡信息，之后所立的达赖六世仓央嘉措（1683-1706）正式坐床继位。仓央嘉措算是个可怜的人物，出生农家，却被第巴桑结嘉措看上，秘密将他送至班禅五世之处学习经教。然而其性多情，飘逸风流，逃锢易形，不匿质直；唯是可怜，因果袭人，奉宣密法，罗网已结。
1704 年起，藏地政权在第巴桑结嘉措的操弄之下，与蒙古拉藏汗的斗争进入白热化阶段。拉藏汗是年发现，府邸内侍在他的食物中下毒；经查，是第巴所指使，双方成为死敌，僧兵对骑兵爆发战争。三大寺与班禅五世介入调停，冲突暂止，然双方依旧各自准备随时开战。1705 年六月拉藏汗攻入拉萨，七月捕获第巴并将他处死。此后，拉藏汗想要另立达赖六世，上报清廷；康熙敕封拉藏汗为翊法恭顺汗并赐金印，令仓央嘉措入京。仓央嘉措走至哲蚌寺时，被藏人夺回，拉藏汗紧急调兵攻打。仓央嘉措说服众人，走出哲蚌寺自投赴京队伍，结束对峙。仓央嘉措最后没有到达京城，记载说他在上京途中于青海湖畔病故，又传说是被清廷软禁于五台山，又有传说最终遁逃回到西藏。
1707 年，拉藏汗另立益悉嘉措为达赖六世，请班禅五世为其剃度，在大昭寺举行坐床仪式。三大寺及青海蒙古王公等，始终没有承认此举的合法性。不过，宗主清廷于1710 年，册封益悉嘉措为达赖六世，颁给金印、金册，承认他的合法地位，并且加派官员进藏协同拉藏汗办理西藏事务。清廷后来发觉藏人始终对于拉藏汗与益悉嘉措有著不服从的情绪，为解决并且安定藏地局势，康熙于1713 年正式册封五世班禅洛桑益悉为班禅额尔德尼，赐金印、金册，令分掌西藏宗教事务。自此以后，历代的达赖与班禅都需经由内地中央政权册封赐印才算数，遂成定例。
清廷原意是想藉由提高班禅的法定地位，并藉由他的宗教领袖地位，来有效的维持西藏地区的安定。然而，藏民对于拉藏汗与益悉嘉措仍不信任，早在仓央嘉措死亡之日，即已开始进行寻找达赖七世灵童的活动。藏民在理塘找到灵童格桑嘉措，将其安置在四川德格，受到和硕特部其他首领的保护。拉藏汗与益悉嘉措当然不承认他的地位，清廷得知此事，令将灵童送赴京城；青海贵族们以灵童尚未出痘为理由，不肯奉令。至1716 年，清廷只得下令，派人将灵童转送西宁塔尔寺，把灵童安置于清廷的保护与看管之下，并颁诏书，隐晦地说：“格桑嘉措为前辈达赖喇嘛转世，上下皆应恭敬侍奉；达赖喇嘛犹如日辉，释教昌隆兴盛。”此举不异即是承认格桑嘉措（1708-1757）的合法灵童地位。
此时，在拉萨的拉藏汗除了一方面藉由清朝册封，取得正统的合法统治西藏权力之外，另一方面，又藉由与强大的准噶尔部新首领策旺阿拉布坦结为姻亲的关系，来巩固其在西藏的统治地位。而策旺阿拉布坦却是不安好心，他怀抱著并吞西藏之心，暗中趁著拉藏汗没有防备他的缘故，积极展开侵略西藏的计划。1716 年底时，策旺阿拉布坦分派两支部队进入西藏，计划一支正面迎战西藏民兵与拉藏汗的部队，一支暗中直接前往塔尔寺袭取达赖七世，想要以达赖七世为人质，达到挟天子令诸侯的目的。
1717 年，策旺阿拉布坦正面进攻的部队，越过极为险峻的崑仑雪山，进入阿里地区直抵藏北当雄。藏民大惊，拉藏汗在毫无防备之下被打得措手不及，准噶尔兵节节胜利，直接瞄准拉萨首府进攻，拉藏汗被迫撤回拉萨，坚守布达拉宫。但另一支前往塔尔寺的准噶尔部队，则是在半途上被清军给击败了。策旺阿拉布坦闻讯全力进攻拉萨，结果拉藏汗被杀身亡，拉萨城破经历了被准噶尔兵烧抢三天的浩劫。接著，策旺阿拉布坦囚禁达赖六世益悉嘉措，另立亲信第巴，掌控了西藏的政教大权，和硕特汗政权至此结束。
1718 年，清军自青海入藏，双方交战于那曲附近，清军全军覆没。康熙充分了解，西藏喇嘛教对于青海、蒙古与西藏地区有著不可替代性的重大影响力，一旦失去西藏，那么即是意味著失去整个西部中国领土，此事非同小可，因此力排众议决心收复西藏。1720 年清军二次入藏，步步为营，严密策画，汇合诸方军事力量，共同对策旺阿拉布坦进行攻击行动。最终策旺阿拉布坦兵败，残部北逃新疆伊犁，清廷收复西藏。清廷将益悉嘉措遣送京城，最后圈囚于热河承德，同时护送达赖七世进入拉萨布达拉宫，举行坐床仪式。随后，
清廷对西藏政体进行改革，加强对藏区的有效治理。
1721 年，废除西藏第巴一职，改设四位噶伦，1723 年增至五位，共同治理藏地政务。然而，几位噶伦之间往往彼此猜忌，各拥势力明争暗斗。此后三十年，两代几位噶伦之间，陆续爆发了拉萨、卫藏战乱、兵围拉萨等事件，并且由于噶伦与达赖之间互相猜忌，因此又再次引发各种驱逐、暗杀、等一连串事件。最终迫使清廷正视西藏地区实际治理的复杂性，费心研拟出一套具体可行的治理方式。
1728 年，雍正正式设立驻藏大臣一职，取代1710 年时所设立的助理藏务人员一职。之前所立助理藏务人员，处理的事务只是某些特别事件，往往是临时派驻，事毕遣回，不具制度与常规性质，而驻藏大臣则规定通常为六年一任，或长或短，就任与退职皆是自行带兵同进同退。
1732 年时，再改为三年一任，或长或短，官员与官兵同进同退。在1751 年发生的旧蒙古贵族与达赖七世的冲突事件落幕之后，乾隆下诏书降旨颁布《酌定西藏善后章程》，章程中决定：为适应西藏地区的特殊宗教氛围，自达赖七世起，允许西藏地区成立噶厦政体，实施政教合一的制度。在1757 年达赖七世死亡之后，又再设立代理摄政制度，规定在达赖转世灵童尚未寻获及未成年亲政之前，由朝廷指派摄政大臣，代行达赖喇嘛职权。又鉴于以往决定灵童的方式，容易被人营私舞弊，因此决定实行金瓶掣签的办法。在1793 年乾隆诏令颁布的《钦定藏内善后章程二十九条》中，明文规定：“嗣后认定转世灵童，先邀请四大护法神初选灵异幼童若干名，而后将灵童名字、出生年月日书于签牌，置于金瓶之内，由大德之活佛诵经祈祷七日后，再由各呼图克图暨驻藏大臣于大昭寺释迦佛尊前共同掣签认定。”3
注3 参见克珠群佩主编，《西藏佛教史》，宗教文化出版社（北京市），2009.10初版1 刷，页508。
1779 年，由于达赖八世不谙，清廷为彰显其对于蒙藏地区的统治宗主地位，于是召请班禅六世上京觐见；是年7月，班禅六世在承德避暑山庄觐见乾隆。乾隆皇帝并于热河仿照扎什伦布寺建造须弥福寿庙，作为班禅六世的下榻之处。此庙规模宏大富丽，光是庙顶镀金就用去黄金15829 两。
1780 年，班禅六世感染天花病逝于北京黄寺，乾隆还特别用了黄金7000 两制造一座灵塔，将班禅遗体安置于内，并将其护送回西藏扎什伦布寺建塔供奉。
清廷于藏地建立噶厦政体，施行政教合一、驻藏大臣、摄政大臣与金瓶掣签等等制度，目的是要维持西藏地区政权的安定；当然，比起之前没有这些制度时的藏地，时不时就发生的情况，确实是要稳定的多了。然而，自第八世达赖喇嘛之后，藏地就落入与东汉政权一样，遭遇到贵族干政皇帝短命的权力斗争现象了。
八世达赖喇嘛（1758-1804），是后藏地区贵族之子，二岁五个月时被迎往扎什伦布寺，五岁于布达拉宫坐床。1791 年，与清廷福康安所领导的清军共同击退廓尔喀侵略西藏的军队，稳定了西藏政局。八世达赖死于1804 年47 岁，在位时又扩建罗布林卡夏宫与大昭寺围廊，以及壁画等建筑。
九世达赖喇嘛（1805-1815），西康地区首长之子，3 岁于布达拉宫坐床，11 岁暴毙死于非命。
十世达赖喇嘛（1816-1837），6 岁于布达拉宫坐床，22 岁暴毙死于非命。
十一世达赖喇嘛（1838-1855），4 岁于布达拉宫坐床，18岁暴毙死于非命。
十二世达赖喇嘛（1856-1875），3 岁于布达拉宫坐床，20岁暴毙死于非命。
以上，九世至十二世达赖喇嘛时期的西藏，在格鲁派等上层喇嘛之间，其实就是斗争不断的时期。自1792 年起，西藏寺院与贵族联手兼并土地、逃避差役，奴役人民的情况日益严重，清廷于道光1829 年，下令清查税赋，制定《铁虎清册》，引发波密地方政权反抗。在1835 年至1837 年间爆发波密战争，最终是清军胜利剿灭叛乱收场。1844 年，拉萨上层爆发政争，揭穿摄政策默林贪赃枉法、徇私不公、任意妄为种种不法，导致国库虚空，藏民生活更加困苦的现象。
因此道光皇帝将其免职，并且颁布实行《裁禁商上积弊章程》，明定驻藏大臣与达赖、班禅地位平等，规定三大寺僧俗等的名额数量，并且禁止喇嘛侵占民房、干涉公事、关说舞弊等事。然而，1862 年，又爆发上层喇嘛之间的权力斗争事件，摄政色拉寺活佛热振三世（1846-1862 在位）不守规章制度，任意减税、干预公事，引起噶厦贵族大臣噶伦们的。热振三世将首席噶伦夏礼免职，继而罗织其罪名。夏礼脱逃之后，串通甘丹寺喇嘛，鼓动哲蚌寺与甘丹寺僧人反对热振三世，进行武装斗争。双方在拉萨街头发生大规模械斗事件，热振三世与色拉寺等喇嘛不敌，逃出拉萨，前往京城向清廷控诉。
此时正值同治年间，清廷正焦头烂额地应付西方帝国主义者的入侵（1840 年鸦片战争起始）与太平天国之乱（1851-1864），根本无力顾及边疆事务。夏礼趁乱揽权，再经过驻藏大臣同意，在十二世达赖喇嘛未成年前，担任摄政一职。驻藏大臣将过程上报，清廷事后只好同意办理。夏礼继任摄政一职未久，藏地又爆发民变瞻对之乱，夏礼应付得宜，迅速弭平民变。1864年夏礼去世，驻藏大臣上报清廷，由德柱继任摄政，中央批准办理。1872 年甘丹寺班丹顿珠喇嘛等僧人暗杀了噶伦等数位贵族大臣，密谋夺权，事发后与哲蚌寺僧人爆发公开冲突，最后西藏政府动员兵力围攻甘丹寺，消灭祸首结束叛乱。
达赖十三世土登嘉措（1876-1933），是在喇嘛教乃琼护法神与桑耶护法神的指示之下，在东南方找到的农家之子。清廷于1877 年批准土登嘉措为十三世达赖喇嘛灵童。于1895年二十岁时亲政，1899 年即发生斗争，原先摄政大臣第穆喇嘛暴毙，十三世达赖下令革去第穆的呼图克图名号，其所属乃东、伦孜、江孜、则岗、策堆德、落隆宗、塔波、蔡礼、昂仁、墨竹、供卡等地之寺院庄园一切财产充公，禁止转世。经过此一事件之后，十三世达赖基本上掌握并且巩固了达赖喇嘛在西藏地区政教权力的主导性。
达赖十三世的一生，始终面临著一连串的内忧与外患逼迫，内忧是指与班禅九世、诺那喇嘛与雄天（多结）势力的权力纷争事件，外患是指英国两次入侵西藏战争与民国政府接收的纷争问题。然而达赖十三世于西藏政权所面临这一切问题的起因，可以简单的说，都是因为宗主国清廷国力衰败的缘故，才引起了内外各股势力蠢蠢欲动，争相抢夺掌控西藏的权力。
英国原先只是想与西藏作生意，套取黄金等贵重金属而已，后来得知藏地政府无意对外交通，又发现清廷势弱无力保护于西藏属地，因此决定，干脆照旧以武力强夺。1860 年左右，英国透过东印度公司，已先后占领掌控了尼泊尔、不丹、哲孟雄、大吉岭等通往西藏的重要门户，并且开始制造事端，骚扰西藏边界地区。驻藏大臣上报清廷，中央无力还击，反而主张妥协退让。
1882 年2 月，英侵西藏，在亚东、隆土山等地，与藏人交战。期间，清廷一味退让，先后与英签定《中英会议藏印条约》、《续约》，最后以失去隆土山等土地、开放亚东为印藏通商口、免征进口税等事项，结束英国第一次入侵西藏事件。可以说，清廷等于是自己打开了此后英侵西藏的大门。1903 年，英军开始第二次入侵西藏，达赖十三世等人深思熟虑之后，认为英人毕竟是外来文化，恐其会消灭密教领导文化，因此决心与英一战。
1904 年，藏民在江孜几度给予英军痛击，但最后江孜仍然失守。
1904 年7 月，达赖十三世于拉萨沦陷前出走，离开西藏取道青海，前往蒙古。占领拉萨后的英军，逼迫三大寺与达赖代理人订定《拉萨条约》，但清廷不予承认。英军在各国势力的干涉之下，在占领拉萨五十天后，撤出拉萨；然而，英军续留藏地与清廷中央谈判善后条约，直到1908 年才将军力撤出西藏地区。
1904 年，达赖十三世停留蒙古期间，曾与喀尔喀蒙古活佛哲布尊丹巴之间，因为主导权的问题，产生过矛盾，于是藏地于1905 年起预备迎请达赖十三世回藏。此时，英国既已失去挟持达赖喇嘛的机会，中英又正在商讨战后由英藏所订《拉萨条约》的修改内容，英国转趋不希望达赖十三世回藏重掌政权，因此对清廷施压，阻止达赖十三世回藏的计划。
达赖十三世苦思种种应变之策，最后决定前往北京面禀朝廷。1905 年10 月时，英军挟持九世班禅曲吉尼玛（1883-1937）前往印度，本欲扶持班禅作为傀儡，希望能掌控西藏，然而班禅九世抗英不从，故英军此计无功。班禅九世遂于隔年2月返回西藏扎什伦布寺，总计前后在印度逗留了四个月。这段期间，清廷实亦以外电通知英印当局，即令班禅所签一切画押印信均为废纸，此举无异亦浇熄了英方的谋藏之举。
1908年后，欧洲战云密布，英国与俄国各要应对于德国在欧洲与非洲崛起的战争威胁，无暇再以武力谋夺西藏，因此改以怀柔政策，诱引达赖十三世争取西立的方略。西藏政局自1906 年班禅九世自印返回之后，班禅逐渐开始掌握藏地主导权。达赖十三世有鉴于此，自然急于回到西藏重掌政教大权，于是态度丕变，由原先的抗英主张变为亲善政策。自1908 年初起，达赖十三世在北京除了觐见过光绪皇帝与慈禧太后之外，更接近于英方代表朱尔典，双方积极疏通种种回藏事宜。英方当局亦见机转舵，弃舍班禅九世，改于拉拢达赖十三世，谋夺掌控西藏的权力，如此一来，在班禅九世与达赖十三世之间，就形成了紧张的局势。于1908 年底，达赖十三世在清朝光绪皇帝与慈禧太后驾崩的治丧仪式之后，随即申请准备返藏事宜。然而，西藏噶厦当局此时正面临著与清廷中央矛盾斗争的情势，起因则是清廷随著中原地区自强运动的推展，也对西藏地区进行了改革运动，想要消除藏地在喇嘛贵族150 年统治之下，所产生的种种暴虐贪腐现状，因此引起了当地众多贵族阶级的积极抵制。
1909 年，清廷川军官员进入西藏时，沿途即与藏民不断地发生冲突，此时行至那曲的达赖十三世，由于不愿放弃政教合一体制，因此一方面下令噶厦调集藏兵阻击川军，一方面请求英、俄各国公使出面声援支持藏方。达赖十三世于是年10 月30 日抵达拉萨时，藏兵已被川军击溃，达赖十三世与清廷驻藏大臣联豫公开反目。
1910 年初，达赖十三世再令藏兵阻击川军，江孜一战川军再胜，达赖十三世只好与联豫讲和，2 月8 日左右应允双方所商讨之公文，然而川军于2月12 日进抵拉萨时，藏民与川军又在大昭寺前却发生冲突，达赖十三世与随扈等人于当晚连夜逃往印度。清军在追寻过程中双方爆发武装冲突，清廷随即革除土登嘉措的达赖十三世称号，青海、蒙古各地闻讯哗变。土登嘉措在印度与英驻印度总督明托会晤，提出藏方以同意之前1908 年所订定之《修订英藏通商章程》为前提，向英方请求保护藏地政教合一的制度，共同抵抗清兵之举。英方则借力使力，即刻以土登嘉措保护者的姿态，通知清廷英方将派兵进入西藏，护送并支持土登嘉措回藏主持政局。清廷派员至印与土登嘉措会面，令其回藏商讨诸事，土登嘉措表示没有英方作保不肯回藏。
土登嘉措既不回藏，清廷随即下令通缉藏地出逃官员，并令班禅九世主持藏务。观察土登嘉措之所以如此有恃无恐，敢跟清廷当面叫板，实是因为其对于清朝的覆灭在即状况，犹如隔岸观火早已洞烛于心。果然不久之后，1911 年清朝覆亡，民国建立。
在藏地的清军听闻已经改朝换代，军纪随即大乱，相继发生内哄而自相残杀等种种事端。又因为粮草军饷无著等等问题，于是清军开始抢夺藏民财物。前朝驻藏大臣联豫，更以军力向藏地政府勒索得银六万两与马匹数千，却不遵守撤返内地的约定。值此之际，达赖十三世得英相助，开始组织藏兵向清军开战。
1912 年3 月，民国大总统袁世凯下令清末驻藏陆军统领钟颖，行使驻藏首长职责，安抚藏民心向于国内。
1912 年7 月，英军出面干涉藏务，由代理人噶普点强迫钟颖与藏军讲和。在军队缺粮、缺弹、缺援之下，钟颖实无招架之力，只好接受招降交出武器，被迫取道印度回返内地。袁世凯则于7 月19 日，下令于中央成立蒙藏事务局，并于10月28 日发布恢复土登嘉措的达赖十三世称号、加封班禅九世为致忠阐化班禅额尔德尼，以安抚西藏地方政权。达赖受悉覆电，表示推崇于袁大总统的功绩，班禅亦回信表示称谢。
在前清川军离藏之后，达赖十三世于1913 年1 月返回拉萨后，随即对曾经帮助过汉人的相关人等进行清算斗争。班禅九世以曾经援助汉人为由，罚款四万两。拉萨四大林园之一的丹杰林寺僧侣遣散、庄园充公、寺院废弃。哲蚌寺云典大堪布因为尽忠于联豫而被暗杀，哲蚌寺僧人被迫解散。噶伦大贵族旺久结布父子与联豫亲善故，被色拉寺僧人杀害，其所属庄园财产亦全部没收。于1918 年囚禁宁玛派与噶举派的诺那喇嘛。相对而言，对于驱逐汉人的有功人员，达赖十三世则大方的将没收得来大批财物，加以慷慨封赏，特别是擦绒 ? 达桑赞堆，原先只是一介平民，因为曾奉土登嘉措的命令，由印返藏主持发动于针对清军的种种事件，事后以大功封赏，竟然史无前例的拔擢到噶厦大员之高官地位。
对外来说，此时的达赖十三世，除了不想听命于民国之外，也不想听命于英国；因此，一方面他利用英国势力，侵略川滇等地事件来发展自己的独立势力，另一方面他也利用表面上仍奉民国为西藏主权国的方式，来牵制于英国并吞西藏的野心。对内而言，达赖十三世则趁著国内地区军阀割据动荡混乱的政局，恢复了藏地政教合一的制度、打击班禅九世与其他喇嘛教派的势力，想要一人独揽前藏、后藏、康川地区的一切政教权力。1914 年，中、英、藏三方在印度北方西姆拉，举行了西藏善后事宜的讨论会议，英方提出侵占西藏面积的麦克马洪线为印藏边界线的主张，中方拒绝承认不予签字，西姆拉会议最终以破局结束。1923 年，班禅九世的多位亲信被达赖十三世诱捕，班禅九世感到生命面临危险，于是年11 月逃离西藏，前往青海。诺那喇嘛亦于同年逃离西藏，方得免受达赖十三世的。
（待续）
